Ukmergės Jono Basanavičiaus pradinė mokykla pastatyta 1939 metais.
1939–1940 metais mokykloje buvo 18 klasių, kuriose mokėsi 635 mokiniai. Joje dirbo 34 mokytojai.
1940 metais, kai Lietuva buvo prijungta prie Sovietų Sąjungos, mokykloje įvyko didelės permainos: buvo panaikintos tikybos ir filosofijos pamokos, o vietoj jų įvestas darvinizmas ir kitos materialistinės pakraipos pamokos.
Prasidėjus karui, hitlerinė okupacija (1941–1944 m.) labai sutrikdė mokyklos veiklą. Vokiečių kariuomenė perėmė dalį patalpų savo reikmėms. Čia buvo įkurtas sandėlis, o mokiniai priversti mokytis kitose miesto pastatuose. Mokykla buvo suniokota.
1944 m. mokykla atstatyta ir tapo berniukų gimnazija.
1949 me­tais — Ukmergės I–oji berniukų vidurinė mokykla.
Nuo 1954 metų mokykla tapo mišri, nes iš antrosios vidurinės mokyklos į mūsų mokyklą buvo perkeltos mokytis ir mergaitės.
1962 metais pastatytas 9 klasių priestatas.
Nuo 1965 – 1966 mokslo metų pradėtas dėstyti sustiprintas anglų kalbos kursas. Mokykloje dirbo pedagogai, atidavę visą savo gyvenimą vaikams: S.Taškūnas, R.Sriogis, B.Strazdas, G.Jakaitienė, A.Kiubarienė, J.Kviesulaitis, Z.Mažeikaitė, A.Pakėnaitė  ir daugelis kitų.
1989 metais mokyklai grąžintas dr. Jono Basanavičiaus vardas.
2000 metais įvestas profilinis mokymas. Mokyklą yra baigę daugiau nei 2000 abiturientų.
Moksleiviai sėkmingai dalyvauja rajone, respublikoje organizuojamuose konkursuose, olimpiadose. Kiekvienais metais apie 80–90% abiturientų įstoja į aukštąsias mokyklas ir jose sėkmingai studijuoja.
Nuo mokyklos įkūrimo iki šių dienų gimnazijai vadovavo trylika direktorių. 
Ukmergės rajono tarybos 2008-03-27 d. sprendimu Nr.7-60 mokyklai suteiktas gimnazijos statusas.

1953 m. abiturientų laidos sudarytas bukletas

Filosofija

Mokomės ne  mokyklai, o gyvenimui. (Seneka).

Vizija

Saugioje ir modernioje aplinkoje kiekvienas bendruomenės narys patiria individualią, jo poreikius ir galias atitinkančią sėkmę.

Misija

Teikti kokybišką pagrindinį ir vidurinį išsilavinimą įvairių gebėjimų ir poreikių mokiniams ugdant brandų asmenį.